Подворье в XVIII — начале XX века

С упразднением патриаршества упразднилось и право Сарских и Подонских архиереев именоваться митрополитами. Еще в 1764 г. титул Сарский и Подонский был упразднен. В 1785 году, после перевода Крутицкого епископа Амвросия (Подобедова) в Казань, Крутицкая кафедра перешла в ведение Синодальной конторы, и вплоть до самой революции 1917 г. епископов с титулом «Крутицкий» не существовало. Вместе с упразднением епархии была упразднена и Крестовая церковь митрополитов. Часть сооружений подворья была передана военному ведомству. В 1788 г. большая часть имущества Крутицкой кафедры была передана в Московскую епархию.

Согласно указа 1788 г. велено было «архиерейскую ризницу, домашнюю утварь, экипажи и прочее, кроме лошадей и скота, отдать в Чудов монастырь, архиерейское подворье упразднить». Крутицкому Успенскому собору положено было быть приходской церковью при оставлении из соборных служителей лишь одного священника. Архивные дела сданы в Московскую консисторию. Некоторое время Успенский собор был приписан к Даниловскому монастырю.

6 мая 1788 г. последовал указ о разделении епархий. Церкви Крутицкой епархии были перераспределены между Московской, Орловской, Калужской и Смоленской епархиями. 17 мая 1788 г. было повелено Крутицкой епархии «не быть». Епархиальный архив был перемещен в Московский Чудов монастырь.

Здания Крутицкого подворья (за исключением Успенского собора) были переданы в распоряжение коллегии экономии, которая, в свою очередь, передала их военному ведомству. Отныне долгие годы на Крутицах размещались различные воинские подразделения. Здесь же находилось и управление Московского воинского начальника.

Посетивший в ХIX веке Воскресенскую церковь архиепископ Московский Августин (Виноградов) (1766–1819) отмечал, что внутри она «благолепием, свойственным храму Божию, и стенным писанием расписана». В 1812 г. церковь выгорела, но росписи остались. Спустя четыре года главнокомандующий г. Москвы Тормасов распорядился церковь эту разобрать, священные стенные изображения смыть, намереваясь сделать здесь жилые помещения, а по некоторым сведениям, даже конюшни. Однако архиепископ Августин ходатайствовал перед обер-прокурором князем А.Н.Голицыным о сохранении храма. Голицын доложил об обстоятельствах дела императору Александру I, в результате чего последовало распоряжение о прекращении разборки храма. В ходе начатого разрушения были открыты склеп с гробом епископа Крутицкого Иллариона и надписи над гробом епископов Евфимия, Симеона, Досифея и митрополита Геласия. Повелено было на месте погребения установить новые надгробные плиты.

В 1838 г. Крутицы посетил наследник престола, будущий император Александр II, выразивший желание видеть Воскресенскую церковь восстановленной.

Во время Отечественной войны 1812 года Крутицы, как и значительная часть Москвы, сильно пострадали от пожара. Значительно пострадал верхний Успенский храм: выгорела крыша, иконостас был полностью уничтожен. В течение пяти лет храм оставался без покрытия, и только в 1817 г. над ним была устроена деревянная крыша. Досталось и храму Петра и Павла. Он был осквернен неприятелем-французом так, что потребовалось новое освящение, совершенное 13 января 1813 года. Еще через десять лет, 17 мая 1823 г. возобновили и освятили верхнюю Успенскую церковь. Ее старая стенная живопись бесследно исчезла, хотя даже в позднейшем ее иконостасе помещались некоторые иконы, оставшиеся от XVIII века (Образ Божией Матери Неопалимая Купина, икона Св. Петра и Павла, икона двунадесятых праздников). В иконостасе нижней церкви сохранялась икона св. Николая, сильно записанная, но, по преданию, перенесенная сюда еще в XVIII столетии из Никольского придела Воскресенского храма.

В 1833–68 гг. производилась дальнейшая частичная реставрация Подворья. В 1839 г. по проекту архитектора Е. Д. Тюрина предполагалось осуществить реставрацию древней Воскресенской церкви. В 1840 г. с аналогичным проектом выступил архитектор Константин Тон (строитель Храма Христа Спасителя в Москве и близлежащих колоколен Симонова монастыря и храма Рождества Пресвятой Богородицы в Старом Симонове). В 1840 и 1899 гг. храм был частично перестроен. В 1899 было осуществлено также обновление Успенской церкви. На рубеже XIX и XX вв. вновь расписан нижний Петропавловский храм.

И все же к началу XX столетия состояние памятников Подворья оставалось плачевным. Несмотря на тревогу церковной общественности, вплоть до революции 1917 г. положение исправить не удалось.